指定流通機構は、登録業務に関する規程（以下この節において「登録業務規程」という。）を定め、国土交通大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。

登録業務規程には、登録業務の実施方法（登録業務の連携、代行等に関する他の指定流通機構との協定の締結を含む。）、登録業務に関する料金その他の国土交通省令で定める事項を定めておかなければならない。この場合において、当該料金は、能率的な業務運営の下における適正な原価を償う限度のものであり、かつ、公正妥当なものでなければならない。

国土交通大臣は、第1項の認可をした登録業務規程が登録業務の適正かつ確実な実施上不適当となつたと認めるときは、指定流通機構に対し、その登録業務規程を変更すべきことを命ずることができる。