指定流通機構は、毎事業年度、事業計画及び収支予算を作成し、当該事業年度の開始前に（指定を受けた日の属する事業年度にあつては、その指定を受けた後遅滞なく）、国土交通大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。

指定流通機構は、毎事業年度、事業報告書及び収支決算書を作成し、当該事業年度の終了後3月以内に、国土交通大臣に提出しなければならない。